一、产品概述

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统ChIP-Seq相比，该技术无需交联与超声打断操作，规避了其所引起的抗原决定簇遮盖和样本损失问题，提高了信噪比，并使所需细胞量减少（可低至60个）。与CUT&Run相比，该技术在pA-Tn5转座复合物进行切割时在切割片段的两端加上接头序列，可直接PCR建库，无需末端抹平和接头连接的操作，省时高效。

CUT&Tag技术可从基因组范围内检测组蛋白、RNA polymerase II和转录因子等蛋白质结合的DNA区端，应用于临床和科研的表观遗传学研究。或是结合生物信息学分析，找到转录因子下游调控的靶基因，为进一步阐明生物学机制提供依据。   

CUT&RUN，全称为cleavage under targets and release using nuclease，由美国Fred Hutchinson癌症研究中心的Steven Henikoff团队开发。该技术的主要特点是，它可以在完整的细胞或细胞核上进行，无需甲醛固定或超声处理。细胞经过透化处理（扩孔）后与目标抗体孵育，抗体进入核内与目标蛋白结合；细胞再与蛋白A/G连接的MNase孵育，目标抗体Fc段结合Protein A-MNase或Protein A/G-MNase。然后激活MNase酶切割结合位点两边的染色质，这些经过切割的片段扩散到细胞核外，而未切割的部分留在核内，可大大降低背景。之后从上清液中收集DNA片段并测序。

二、实验流程

CUT&Tag

细胞先与包被刀豆蛋白A的磁珠（Concanavalin A-coated magnetic beads, ConA beads）吸附结合，方便后续操作。用非离子去污剂洋地黄皂苷（Digitonin）进行细胞穿孔后，依次孵育针对靶蛋白的一抗、相应的二抗、pA-Tn5融合蛋白。其中pA-Tn5中的pA可以识别二抗的Fc区域，Tn5酶在加入Mg²⁺后定向切割靶蛋白附近的DNA序列。且Tn5酶进行切割时会在切割片段的两端加上接头序列，因此切割产物可以直接PCR扩增建库，经纯化后用于高通量测序。

CUT&RUN

未固定的核（1）栓在lectincoated磁珠上；

（2）先后与抗体和蛋白A-MNase（pA-MN）孵育，其次是简单的洗涤；

（3）在冰上与Ca++混合，启动裂解反应，之后利用螯合作用停止数秒到数分钟；

（4）离心包含释放的TF-DNA复合物的上层清液，从而进行恢复。

（5）提取上清液中的DNA，建库测序。

三、应用范围

一般使用新鲜细胞、梯度冻存细胞、新鲜组织或是冰冻组织进行实验，可以广泛应用于哺乳动物的蛋白与DNA互作研究。酵母和植物等生物类型可经由破除细胞壁或者提取细胞核来进行实验。

四、技术优势

实验材料无需交联，原位（In situ）操作；

信噪比高，所需测序深度减少，性价比高；

实验可重复性好；

省时高效，从细胞收集到测序文库构建仅需1-2天。

五、客户文章

Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair.(Genome biol.IF=13.584.2021)

该研究结合三代测序和Hi-C数据从染色体层面上有效地组装大刺鳅单倍型基因组。该基因组包含大多数染色体的亚端粒和着丝粒周围异染色质序列，包括X和Y染色体。SLR位于着丝粒周围区域，表明祖先的低重组区域可以产生SLR而不需要选择重组抑制。

其它客户文章：

1. 一区 IF 8.679|嘉因生物CUT&Tag助力转录因子EBF3相关的鼻咽癌转移研究

2. Nature Genetics │IF 41.037│嘉因生物CUT&Tag和ATACseq助力核酸甲基化转录调控研究

3. 1区 IF 8.679│嘉因生物CUT&Tag和RNAseq助力妇科癌症分子机制研究

4. IF 18.187|嘉因生物CUT&Tag和RNAseq助力间充质干细胞治疗心肌梗死研究

5. The Plant Cell │嘉因生物ATAC-Seq和CUT&Tag助力植物精细胞命运决定调控机制研究

6. 1区 IF 9.941︱嘉因生物CUT&Tag助力白血病(APL)发病机制研究

7. 一区 IF 15.828 | 嘉因生物完成的转录因子的CUT&Tag发表了~