一、产品概述

1. 技术和原理

高通量染色体构象捕获（High-throughput chromosome conformation capture，HiC）可以在全基因组范围内研究染色质DNA在空间位置上的关系，该技术通过交联、酶切、末端补平和生物素标记、连接、纯化打断和建库等步骤，将染色质中的所有交互作用都捕获下来，然后进行高通量测序并进行数据分析，以得到高分辨率的染色质三维结构图谱。

染色质空间结构

[1] Magaa-Acosta M ,  Valadez-Graham V . Chromatin Remodelers in the 3D Nuclear Compartment[J]. Frontiers in Genetics, 2020, 11:600615.

2. HiC建库流程

二、嘉因进展

嘉因生物自成立以来一直专注专注于表观遗传学科研服务，已有的产品比如ATAC-seq、CUT&Tag/ChIP-seq、MeRIP-seq和DNA甲基化等产品协助众多客户在二维水平研究调控机制https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?action=getalbum&__biz=MzAxMjQ3MTU5Mg==&scene=1&album_id=1868384983128604677&count=3&scene=21#wechat_redirect。

那嘉因生物的表观三维基因组的Hi-C技术效果如何呢？来看看数据质控吧～

由于Hi-C文库的特殊性，HiCUP首先在reads上识别酶切位点，并将reads切开。切开后的reads比对到参考基因上。唯一比对的reads比例是一个需要参考的指标，由于无法准确地确定多重比对的 Reads 在基因组上的来源，往往只用唯一比对的 Reads 进行后续分析，如果唯一比对的 Reads 的比例太低将影响后续分析。一般来说唯一比对的 Reads 的比例一般不会低于50%。

嘉因测试数据回帖结果展示

最后将数据进行去出PCR重复处理。正常情况下，Cis比例要大于Trans，如果Trans比例大于Cis很可能是实验上或分析上有问题。